หลังจากเข้าสู่ยุคเมจิ มุตสึก็ได้เป็นผู้ว่าราชการถึง 2 จังหวัดคือจังหวัดเฮียวโงะและจังหวัดคานางาวะ แต่ก็มีอันต้องติดคุกนานถึง 5 ปีระหว่างปี ค.ศ. 1878 ถึงปี ค.ศ. 1883 เพราะไปติดต่อกับไซโง ทากาโมริในช่วงกบฏซัตสึมะ หลังจากออกจากคุกเขาก็ได้กลับเข้าร่วมรัฐบาลอีกครั้งในกระทรวงการต่างประเทศ ในปี ค.ศ. 1884 มุตสึได้เดินทางไปศึกษาต่อที่ ยุโรป หลังจากเรียนจบเขาก็ได้เดินทางไปยัง วอชิงตัน ดี.ซี. ในฐานะรัฐมนตรีในปี ค.ศ. 1888 เพื่อแก้ไขสนธิสัญญาที่ไม่เป็นธรรมระหว่างญี่ปุ่นและสหรัฐอเมริกา

ในปี ค.ศ. 1890 หลังจากที่เดินทางกลับจากอเมริกามุตสึก็ได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดวากายามะเขต 1 ต่อจากนั้นเขาก็ได้เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศในสมัยของ อิโต ฮิโรบูมิ นายกรัฐมนตรีในขณะนั้นซึ่งเป็นเพื่อนสนิทของมุตสึตั้งแต่สมัยเรียนทหารเรือ จากนั้นเขาก็ได้เดินทางไปแก้ไขสนธิสัญญาชิโมโนเซกิ